Scientific Consilience wurde im Jahr 2010 von Dr. Jan Fuhrmann, Dr. Dirk Neumann und Dr. Alexander Rurainski als Partnerschaftsgesellschaft gegründet. Scientific Consilience war eine der ersten Partnerschaftsgesellschaften in Deutschland, deren Mitglieder aus unterschiedlichen Berufen stammten. Obwohl dies rechtlich möglich ist, führte diese Tatsache zu Besonderheiten während der Anmeldung. Als Folge musste der Name des Unternehmens im Einklang mit deutschem Recht lauten Scientific Consilience Dr. Fuhrmann, Dr. Neumann, Dr. Rurainski - Partnerschaft, Bioinformatiker, Chemiker, Informatiker, was üblicherweise für Formularfelder zu lang war.
Die Gründer des Unternehmens trafen sich einige Jahre zuvor am Zentrum für Bioinformatik, Saar (ZBI Saar). Zu dieser Zeit arbeitete Dr. Neumann als Leiter einer unabhängigen Nachwuchsgruppe, während Dr. Fuhrmann und Dr. Rurainski ihre Promotionsarbeiten beendeten. Die Idee zur Gründung eines unabhängigen Unternehmens, um wiederholt auftretende Fragestellungen zu bearbeiten, war das Ergebnis zweier grundlegender Beobachtungen, die im Verlauf der Zusammenarbeit mit Forschergruppen aus den Gebieten Biologie, Chemie und Pharmazie gemacht wurden: Erstens bestand eine zunehmende Nachfrage nach grundlegender Vereinfachung der Forschung mit Hilfe von computergestützten Verfahren. Zweitens wollten alle diese Gruppen insbesondere die Kosten für die Forschung senken.
Das Geschäftsmodell von Scientific Consilience fand allgemein Anklang. Daher wurde Scientific Consilience zu Beginn finanziell durch das Bundesministerium für Wirtschaft und Energie und den Europäischen Sozialfonds (Referenznummer: 03 EG SSL 003) gefördert. Darüber hinaus wurde Scientific Consilience aktiv durch die KWT (Kontaktstelle für Wissens- und Technologietransfer) und WuT (Wissens- und Technologietransfer GmbH), Universität des Saarlandes, unterstützt.
Im Jahr 2011 verließ Dr. Fuhrmann das Unternehmen aus persönlichen Gründen im gegenseitigen Einvernehmen. Gleichzeitig verlagerte Scientific Consilience den Schwerpunkt der Tätigkeit auf die Bereiche Statistische Analysen biologischer Daten und Simulation und Vorhersage transdermaler Aufnahmen. Diese beiden Gebiete waren zuvor Gegenstand der Forschung des Unternehmens und wurden für den Markt vorbereitet.
Am Ende des Jahres 2011 wurde Scientific Consilience beim Businessplanwettbewerb Medizinwirtschaft, Startbahn MedEcon Ruhr als eines der besten 10 von 174 teilnehmenden Unternehmen ausgezeichnet. Der entsprechende Businessplan wurde durch die 3CERT GmbH zertifiziert. Diese Meilensteine öffneten dem damaligen kleinen Spin-Off die Türen zu multinationalen Kunden.
Die Rechtsform von Scientific Consilience wurde im Jahr 2014 wegen meherer Nebeneffekte der vorangegangenen Form in eine GmbH umgewandelt. Durch die Umwandlung ist insbesondere die nun korrekte Unternehmensbezeichnung Scientific Consilience GmbH deutlich kürzer und einfacher zu merken als die vorherige mit ihren mehr als 100 Zeichen.